Я готовлю из программы индивидуальные сведения на сотрудников за 2 квартал 2012 года. Но, у меня не идет сумма налоговой базы в РСВ-1 и описи индивидуальных сведений. Я выяснила, что не идет на сумму превышающую 512000 рублей. Что мне делать?

Все верно. Так и надо сдавать отчет в Пенсионный фонд.
Согласно постановления ПФ от 24 марта 2011 г. N 59п
О ВНЕСЕНИИ ИЗМЕНЕНИЙ В ПОСТАНОВЛЕНИЕ ПРАВЛЕНИЯ ПЕНСИОННОГО ФОНДА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ОТ 31 ИЮЛЯ 2006 Г. N 192П, сумма начислений взносов в индивидуальных сведениях указываются только пределах максимальной суммы предельной величины базы для начисления страховых взносов (взносы, начисленные свыше предельной величины, в индивидуальных сведениях не отражаются). В форме РСВ-1, разумеется, отражаются ВСЕ начисленные и уплаченные взносы. Отсюда и идет расхождение.