В программе есть понятие физическое лицо, и сотрудник. Они раздельны.
Одно физическое лицо может быть трудоустроено несколько раз.
То есть по одному физическому лицу может быть открыто несколько карточек сотрудника.
Это например необходимо для внутренного совместительства, или при заключении
штатным работником договоро ГПХ.
Если у Вас при формирование отчетности ПФР и 2-НДФЛ создаются несколько карточек, то это говорит о том что в справочнике физических лиц по одному физическому лицу сделано несколько карточек.
Для того чтобы устранить это, необходимо зайти в личною карточку сотрудника, работающего по внутреннему совместительству, нажать на кнопку, расположенную правее фамилии, для вызова справочника физических лиц и выбрать физическое лицо сотрудника, работающего по основному месту.
В этом случае программа понимать что это одно и тоже физическое лицо и расчет налогов, страховых взносов, а также составление отчетности будет производится верно. Индивидуальные сведения нужно будет удалить и добавить заново.
Отпуск и больнычные счетаются в разрезе сотрудников, то есть на них данное изменение не повлияет.
А вообще Вам проще было бы добавить новый вид расчета для классного руководства, а не вводить вторые карточки сотрудников.